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1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年更名为北京医科大学。2000年与北京大学合并，组建了新的北京大学，北京医科大学成为北京大学医学部。

北医前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府开办的第一所国立医学院校。是民国早期九所著名“国立”高校之一。其历史渊源可以上溯到1903年-1907年之间曾经存在过的京师大学堂医学实业馆。1913年国立北京医学专门学校首批学生72人，到1917年首批毕业学生共22人。

1923年北京医学专门学校更名为北京医科大学，1927年奉系军阀张作霖率安国军进入北平，进京后的张作霖改组高等教育，把当时北平“国立”九校合并为“京师大学校”，北医更名为京师大学校医科;1928年国民党的北伐大军兵临城下，张作霖离开北京，之后一些高校复校，包括北医在内未复校的高校成为北平大学的一部分，北医成为北平大学医学院。

1937年卢沟桥事变爆发后，北平各高校纷纷西迁南迁，北平大学大部撤离到了古都西安并在那里和北洋大学等华北名校一起组成了西北联合大学。与此同时，部分未撤离北平的医学院教师在日占区继续行医、教学，并组建了北京大学医学院，院长为鲍鉴清。太平洋战争后北京大学医学院吸收了美属北平协和医学院的部分师资。如林巧稚，诸福堂等均曾在这任过职。有人也把1937-1945年这段时期称为“伪北京大学”医学院。

1945年，国民政府教育部决定在国立北京大学、国立浙江大学、国立山东大学和国立武汉大学四所高校设立医学院。原北京大学医学院改组为北平临时大学补习班第六分班，该班连同附属医院(北大医院)再次组成北京大学医学院。院长为马文昭。部份原医学院教授遭解职。而新聘师资中云集了一大批欧美留学博士。这些人代表当时学界最高水平，后来均成为学界泰斗。