如果日语一级跟托福成绩都是9月份左右出来，而且没有问题，那么申请日本的大学时间还够用么？

你没说的太明白，你是考大学还是大学院？你提到了论文，那么你应该是来日本读zhidao硕士的吧。如果那样的话放心吧，时间来得及。对于中国大学毕业的大学生，日本的国立大学大学院一般会在10月份以后进行留学生特别选拔考试。所以，完全不必要担心。不过，如果刚专刚国内大学毕业就来日本的话，是很难马上能读硕士的，而是先在研究室里读1年研究生，第二年才考研。如果是考大学的话，1级没什么用，一般国立大学会看你的留统考试成绩。时属间来说也是来得及的。